O Conselho de Ética é constituído por quatro integrantes, indicados da seguinte forma: um pela Diretoria da ISAEC; um pelo Conselho de Educação; dois pela Assembleia Geral.
Ao Conselho de Ética cabe:
I. Emitir parecer sobre questões que lhe são encaminhados pelo Diretor Executivo ou pelo Conselho de Educação;
II. Acompanhar, apoiar e orientar o Diretor Executivo no desempenho de suas tarefas;
III. Ser a instância de mediação de conflitos no âmbito da Rede Sinodal.
IV. Apresentar relatório de suas atividades à Assembleia Geral.
O Conselho de Ética reúne-se, ordinariamente, uma vez no primeiro e uma no segundo semestre de cada ano, e extraordinariamente, sempre que necessário.